Image-pro Base功能

一、图像管理和显示

1. 灵活的查看器

l多维套装、3D堆栈和延时摄影

l大型幻灯片扫描仪套装和瓷砖马赛克

l多孔板组&板导航

l65+支持的文件类型

2. 元数据和校准

l从图像捕获中读取所有本机保存的元数据

l节省光学镜片和荧光染料特性

l读取比例尺的已保存空间校准数据

l需要时从千分尺载玻片自动校准

3. 智能叠加

l绘制ROI以将处理限制为特定像素

l应用校准的网格，便于比较

l用文本和箭头注释任何图像

二、处理和调整

1. 无与伦比的瓷砖和缝合

l根据元数据自动平铺或手动排列

l拼接重叠像素以实现无缝的最终马赛克

l对单个图像和整个马赛克进行阴影校正

2. 为单色图像着色

l伪彩色和色调单色图像，带有染料颜色、色谱、波长或调色板颜色

l从彩色图像中提取通道或从多通道图像集构建彩色合成

3. 使用高级滤镜进行增强

l构建高动态范围（HDR）图像

l应用形态学、增强和边缘过滤器

l使用快捷傅里叶变换（FFT）去除图案

4. Z堆栈对齐和EDF

l对齐图像堆栈-非常适合电子和立体显微镜捕获

l在光学堆栈上使用扩展景深（EDF）构建聚焦合成

三、可用性

1. Licensing

l提供usb加密狗服务

2. 搜索和帮助

l一键搜索帮助文件和最近的项目

l停靠新的‘帮助‘面板，使指导触手可及

l激活动态帮助以自动显示相关主题

l通过书面和视频文档快速培训用户

3. 用户布局

l为弱光环境打开深色模式

l从新的可访问布局菜单保存布局

l为每个用户定制工具栏、丝带、试图和面板

l使用独特的工具填充自定义功能区

四、数据分析与报告

1. 数据收集和显示

l使用任何数据源从一个或多个图像中收集测量值或元数据

l使用autocollect编译/分析数据

l使用灵活的表格进行重命名、排序、过滤和按类或度量分组

l显示每个测量、每个表或分组类的统计数据

2. 数据分析与导出

l从40+测量中选择用于过滤器和分析的测量

l从datacollector 导出自定义报告、Microsoft Excel、CSV 或文本文件

l使用线图、条形图、散点图、3D图、饼图和热图查看收集的数据

3. 灵活的报告创建

l使用图形拖放编辑器创建报告

l格式化文本、图像、数据表和图表、边距、列、颜色等

l添加目录、标题、表格、数字、页眉/页脚和文本框

l将报表保存为可重复使用的模板，或保存为 PDF、Microsoft Word、HTML 或富文本

五、审计和认证

l跟踪整个应用程序中的用户操作

l在多个会话和时间范围内进行跟踪

l使用映像审核跟踪监控每个映像的更改

l通过图像和文件签名检查真实性

六、脚本

lEasy Macro 录制（单击时录制）

l使用简化的图形或者代码视图编写脚本

l具有命令识别功能的智能脚本编辑器

l对多个图像或文件夹进行宏批处理

Image-pro Base测量模块

七、2D自动分析（快、重复、准确）

1. 通过最先进的 2D 图像分割、智能分类和全面分析，从图像到结果所需的一切。以自由形式使用分析工具，或选择使用 Protocols 标准化您的分析。

2. 分析方案：使用不断增长的标准化工作流库来提高数据的可靠性，这些工作流就像是专为您设计的。

3.  协议集合

4. 分段选项：根据图像，您可能需要不同的分割技术。基于标准直方图的机器学习智能分割，甚至 AI 深度学习可能是最佳选择。

Image-Pro 提供多种技术供您选择 - 满足任何挑战的需求。

5. 2D跟踪：随着时间的推移测量您想要的任何东西，主要功能：

l使用 Threshold Segmentation 自动查找对象

l根据需要添加 Manual Tracks

l定义用于测量的参考轨道

l比较多个轨道

l自动将触摸对象分割为独立的轨迹

l允许在轨道之间共享对象

l考虑进入和离开焦点的对象

l距离、加速度、速度、角度和坐标的方向、相对时间、对象随时间变化的形态

6. 数据管理：从 144+ 测量值中进行选择，以表格和图形形式显示

l  单张图像数据表：重命名和调整、排序和压缩、按度量或类分组、查看统计数据

l多图像采集数据：自动收集数据、使数据与图像保持链接、按图像分组、绘制结果图表

7.可视化您的结果

l块表

l折线图

l数据直方图

l 散点图

l3D绘图

l饼图

l热图

八、2D测量（快、灵活、精确）

1. 轻松从图像中提取精确的测量数据，从研究实验室到制造车间，我们的半自动测量工具可实现快速准确的自由曲面图像测量

2. 直接和辅助测量，使用各种直接绘图和辅助绘图测量工具从校准的图像中提取准确的数据

l几何学：轻松绘制，准确测量，使用对您的动作敏感的工具，可以快速轻松地绘制点对点线、间距线、多边形、矩形、圆、折线和角度，同时直观且有用

l最合适：添加点以构建测量，一种为任何对象创建最准确的“最佳拟合”圆、圆弧或线条的简单方法。只需沿对象边缘添加几个点，Image-Pro 就会构建测量结果。

l对象标记：单击以计数和分类，一种快速识别图像中多个对象的简单方法。使用数据表跟踪统计总数，或设置类并按类对对象进行计数。

l相对测量值：体会言外之意，测量现有 Direct Measurements 之间的关系。选择两个或多个，并测量对象中心之间的距离/最小/最大、增量线距离、线之间的角度等。

3. 自动捕捉到边缘,对齐到（直边、任意边、线长、线边、沿边、圆）每次使用 Snap Measurement 工具绘制准确的线条测量值。只需绘制，测量值就会准确地沿着对象边缘捕捉。

4. 自动形状检测,使用各种直接绘图和辅助绘图测量工具从校准的图像中提取准确的数据。

5. 测量强度并检测带有线的边缘,绘制各种线条和形状，以线条轮廓的形式显示线条下的强度。手动或自动查找沿生产线的强度峰和谷，以便于环状或边缘检测。

l强度分布：绘制任何形状用于强度线配置文件,根据需要绘制或自动跟踪任意数量的线条或多边形，以测量线条下的强度。将形状设置为 “background” 以偏移其他强度测量值

l测径器: 使用 Caliper 查找线下的“边缘”,轻松自动检测线下方的强度“边缘”，包括峰值、谷值、强度上升和强度下降;定义独特的强度模式Caliper 将在线条下方出现时自动检测;将卡尺“边缘”分组到各个类中-名称和颜色代码

l直观显示：在直观的显示中查看数据,将测量值显示为图形、测量值表或统计表。将图形和数据导出到 Excel 或自定义报表。

6. 轻松对测量进行分类,使用不同的颜色、形状和自定义名称对测量数据进行分类和组织。使用 类 可以将相似的对象分组在一起，报告 类总数，查看强大的类统计信息。

l手动分类：手动为对象及其叠加层分配唯一的类颜色，以便于视觉分离和测量分组

l自动分类：使用单变量分类，根据单个选定的测量值轻松地将对象均匀地自动分类到箱中

7. 精确的颜色测量，在 CIE L*a*b* ® 或 XYZ 颜色坐标中执行绝对颜色测量或颜色差异。从参考图像进行颜色校正也同样容易。

lCIE L*a*b* ®颜色测量：按像素查看或提取为单色图像，将颜色定义为sRGB或颜色配置文件

l数字色彩校正：使用现有图像或点的颜色变换通过引用调整一个图像，在 3D 查看器中显示颜色变换

l常见用途：

1. 化妆品：用于测量材料颜色精度

2. 纺织品制造：与标准纺织品颜色配置文件进行比较

3. 汽车：用于油漆颜色测量质量保证

4. 药：确保药丸和凝胶胶囊的颜色质量一致

5. 食品工业：用于测量和比较，染料、褐变、成熟度等

8. 数据管理，从单个或多个图像的 144+ 测量值中进行选择，将它们存储在数据表中，并以各种图形格式可视化结果。

l重命名和调整；排序和压缩；

l组/视图统计信息：将相似对象的类合并到自定义层次结构中，并查看每个分组类的每次测量的统计信息

9. 数据收集器，使用 Data Collector 从多个实验中收集数据，将结果组织到一个位置，并根据需要显示分析。

l自动收集，数据/图像联动，数据绘图，数据导出，报告，数据统计

10.住2D 捕获测量，如果您有 2D Capture Module，则可以对 LIVE 图像执行这些测量。

l对象标记，几何测量，最适合，相对测量值，校准网格，Intensity Line 剖面

九、3D可视化分析

1.以简单易懂的方式提供高级 3D 可视化和分析工具，无需学习新平台即可执行复杂的分析方法

2. 卓越的可视化

l3D/4D 视图：在令人惊叹的高分辨率全屏视图中可视化您的 3D 体积或 4D 延时数据。

l切片器视图：使用这种 2D 投影模式探索每个体素，该模式将 2D 平面的位置链接到集成 3D 视图上的真实 3D 位置。

l同步比较：同步任意两个数据集以进行并排查看、缩放和平移。甚至可以实时同步两种不同的视图类型，例如 3D 视图和切片器视图。

lGallery 视图：在缩略图库中查看构成体积的每一帧，这些缩览图可以在此模式下进行缩放、编辑、调整或简单地查看。

3. 控制您看到的内容，调整光照、外观、体积上的表面、对象和通道，以显示引人注目的结果

l音量调整

1. 混合、MIP 和 Sum 投影

2. 整体体积透明度

3. 线框和等值面渲染

4. 切片密度和边缘着色

5. 伪表面和立体视图

l对象参数

1. 基于 LUT 的 Spread & Opacity

2. 单个对象镜面反射

3. 调色板编辑器和预设

4. 光源和阴影

lChannel 参数

1. 保留本机通道着色

2. 切换或闪烁每个通道

3. 不透明度加权自动混合

4. 独立的直方图编辑

5. 通道提取或合并

l更改背景：更改背景并应用渐变出血，以在数据和背景之间创建尽可能高的收缩。

l应用阴影：阴影投影可以在体积框架的 3 个墙壁上产生阴影，并突出对象的形态和交互。

l调整光照：通过强度、颜色和角度调整在两个不同的方向上控制音量的光线。

l删除区域：通过使用 Volume of interest 剪掉分散注意力或不必要区域来查看各种材质的相互作用。

4. 3D 剪切平面，易于使用的剪切工具允许您选择剪切平面、方向轴和剪切优先级，然后遍历该轴，查看任何 3D 图像的 2D 切片。

l调整方向：创建任意数量的剪切平面并轻松遍历方向轴。显示任何位置的 2D 平面的外观，或打开剪裁以擦除平面之前或之后的数据。

lArrange Priority：在 3D 视图面板中选择任何剪切平面，并将其移动到其他剪切平面或 3D 元素的上方或下方，以调整剪切优先级。顶部的项目会夹住它下面的所有项目，就这么简单。

5. 关键帧动画，强大的动画工具使创建由复杂动作和渲染组成的逼真电影成为可能。悬停以探索。

l预加载的模板

1.圆形动画

2.飞越动画

3.跷跷板动画

l定义动画

1. 记录摄像机位置、角度和缩放

2. 添加和替换位置

3. 记录体积、表面和对象计数

4. 记录倾斜或正交剪切平面

5. 通过平滑和抗锯齿提高质量

l共享

1. 保存和加载动画

2. 将来使用的路径

3. 生成相同的影片

4. 另存为WMV，AVI和MP4

6. 大数据可视化，大数据可视化扩展模块可将当今高容量成像技术捕获的大型数据集*转换为多分辨率金字塔格式，以便快速、轻松地进行可视化。

l转换 TB 大小的文件

l可视化多分辨率文件

l在后台转换文件

l转换每 GB 需要 ~1 分钟或更短时间

7. 测量和分析：简化复杂的 3D 对象，Guided Segmentation 旨在使用简化的引导过程来识别和测量任何 3D 对象，该流程优于当前的 3D 分割技术。

l生成轮廓：使用任何 2D 框架将对象定义为唯一的轮廓集合。为清楚起见，对它们进行命名和颜色编码。

lZ 延伸：使用“自动”或“半自动”技术在堆栈中向上或向下传播分段，并根据需要查看轮廓以进行编辑。

l等值面创建：从您的轮廓集合自动生成等值面。测量体积、表面、强度和独特的形态物体测量。

8. 手动 3D 测量，当需要单个对象几何图形时，使用简单的点对点工具测量孤立的 3D 对象

l距离、面积、体积

1. 3D 质心

2. 表面积

3. 周长

4. 对象之间的距离

5. 从曲面到中心的 3D 长度

6. 沿对象表面的 3D 长度

l质心、角度、等值线

1. 在切片上使用 2D 折线的 3D 对象轮廓

2. X、Y、Z 大小、形状、方向和强度

3. 任何 3D 位置的 X、Y、Z 坐标

4. 对象之间的距离以及合并/拆分

5. 线之间的相对角度

6. 与参考向量的相对角度

l保持定量准确性

1. 基于校准体素的 pm XY 空间校准和 Z 间距校准

2. 所有测量均基于精确的亚体素精度

9. 自动 3D 分析：使用基于直方图的分割方法分析 3D 对象，轻松计算区域尺寸、形态、对象数量、强度测量值等。与数据收集器和批处理相结合，只需单击几下即可分析大量数据

l按强度细分：使用基于直方图的方法选择您感兴趣的区域，并立即在体积显示中将其突出显示为 3D 对象。您可以执行的分割数量没有限制，因此即使是灰度或颜色的细微变化也可以分离以进行分析。

l按测量筛选：对于任何选定的测量，创建分割区域的直方图，并仅使用多个精确参数（例如形态学和强度测量的组合）排除其余部分。

l按度量分类：对于任何选定的测量，创建分割区域的直方图，并仅使用多个精确参数（例如形态学和强度测量的组合）排除其余部分。

l消除接触图像边框的对象，如果您只希望完整且完整的卷未被图像堆栈的边框切断，则可以启用 clean borders （清理边框） 设置以忽略这些对象

l对象外观，每个对象的外观对于准确可视化非常重要，因此可以编辑每个对象的参数，包括颜色、透明度和镜面反射度。

l对象分割和合并，在许多图像中分割触摸对象变得必要，因此我们提供了基于流域的自动分割技术和基于点对点的手动分割方法来完成这项工作。

l对象命名和着色，这样，您就可以通过编辑数据表或简单地双击对象本身来为每个对象指定唯一的名称和颜色，从而更轻松地跟踪“whatis what”。

10.3D 数据管理，让数据为您服务。

l设置数据收集，只需按一下按钮，表中的所有数据都会编译到 Data Collector 中。您甚至可以将其设置为在测量图像时自动从所有图像中收集。

l链接收集的数据，对于多图像实验，请分别从每张图像中收集大型数据集群，并保留原始链接，以了解图像组的比较和对比情况。

l绘制结果图表，对数据使用各种图形类型，例如 2D 和 3D 散点图、直方图、块状图和折线图。

l从 60+ 测量值中进行选择，以表格和图形形式显示

1. 排序和压缩，按测量值排序并调整表格以仅显示相关数据。

2. 对结果进行分组并查看统计数据，将相似对象的类合并到自定义层次结构中，并查看每个分组类的每次测量的统计信息。

Image-pro Base采集模块

十、2D 捕捉（预览。量。比较。捕获。)

1.从 150+ 设备捕获图像和视频,自动捕获正确的景深、放大倍率、曝光和对比度现在比以往任何时候都更容易

2. 强大的 Live Image 工作区,Image-Pro 的实时预览引擎是一个灵活的图像工作区，能够提供高速视频以及分层测量和叠加。实时构建焦点图，并提供令人惊叹的 EDF 图像，或者使用 Live Tiling 动态拼接和平铺。

l实时EDF：使用 Live EDF 捕捉精美聚焦的图像，无论深度如何。不需要自动 z 电机。

l实时平铺：在手动导航标本时将多个视野拼接在一起。与实时 EDF 结合使用，可创建聚焦的平铺图像。不需要自动化平台。

l实时测量：测量实时预览图像上的对象区域或对象之间的距离。无需拍摄您的图像，需要 2D 测量模块

l实时比较：将实时图像与以前捕获的图像进行比较，分析它们的差异或色调，并可视化随时间发生的变化。

l实时网络：使用 Calibrated Grid 叠加可确保在捕获时对齐，或快速测量尺寸和标距距离。从一系列图案和颜色中进行选择，以满足您的需求。

3.支持 150 多种采集设备,我们与领先的相机和显微镜制造商合作，为您的实验室已经用于图像采集的设备提供尽可能广泛的设备支持。

lImage-Pro 支持不断增长的科学相机列表，以确保卓越的拍摄体验。浏览受支持设备的扩展数据库。

4.即时捕获和 HDR

l即时捕获：在实时预览运行时立即捕获图像等。其他捕获程序会暂停实时预览，从而导致潜在的数据丢失，但 Image-Pro 的即时采集技术可确保您可靠地捕获重要事件。

lHDR 捕捉：使用可变选项以不同的曝光度捕捉一系列图像，并将它们组合成单个高动态范围图像。生成的图像是使用尽可能宽的暗到亮像素范围的图像数据汇编。不再有黑色或饱和像素。

5.记录延时事件,记录快速事件或长期实验。 重播您的录制内容并显示信息性时间戳和叠加。轻松将电影保存为 .AVI、.TIF 或 .WMV 格式。

l固定间隔 vs 尽可能快

l随时间变化的 LIVE 强度

l流式传输到磁盘

6.增强您的手动显微镜以进行捕获多通道荧光图像,改造您现有的显微镜，以支持通过多通道采集和实时反卷积进行图像采集。

l多通道捕获：无论是在手动模式还是自动模式下，2D Capture Module 的扩展都将扩展任何显微镜，使其能够将多个通道捕获到一个图像集中。无论是拍摄单张快照还是电影，只需设置您的频道，开始拍摄，Image-Pro 就会在需要时提示您更改滤镜或光源。完成会话后，您的集合将进行组合、着色，并准备好查看或测量。一种简单而强大的捕获方法。

l实时反卷积：实时反卷积，可选的实时反卷积扩展功能利用行业领先的 AutoQuant 技术，经济高效地“升级”您现有的宽场显微镜，以获得几乎与更昂贵的共聚焦显微镜一样清晰的图像。提升您的采集系统，现在可以在预览和采集期间提供清晰、高保真的荧光图像。

l两个算法选项可让您在速度和质量之间进行控制：2D 迭代反卷积用于更高的质量，以及用于更高速度的 Wiener Filter。

7. 所有基础知识及更多内容,自动曝光、白平衡和饱和度警告（高和低）是 Image-Pro 中所有设备的标准功能。在可能的情况       下，  还会启用“Binning”（像素合并）和 “Bit Depth”（位深度）选项， 甚至可以根据像素合并选择自动调整曝光。

l自定义预设：保存与单个实验或方案相关的所有捕获设置，以便稍后调用。在用户和计算机之间共享设置文件。从捕捉功能区中的便捷菜单快速访问您的预设

l锁定/解锁预览和获取：对于在预览期间需要较低曝光时间和较高增益，以及在采集期间需要较长曝光时间和较低增益的实验，Image-Pro 已准备好。只需单击控件旁边的锁定/解锁图标即可启用此功能。

l增强选项：白平衡、增益、偏移和 Gamma 设置都可以直接从 Image-Pro 内部控制相机。通过开发对设备的原生支持，所有命令和控件也可以由宏或应用程序控制。

l可用性设置：对实时和捕获的图像应用自定义日期和时间戳，以便进行质量文档记录。在捕获图像之前，为图像设置唯一的命名方案，以节省采集后端的时间。

Image-pro Base处理模块

一、AutoQuant返卷积，行业领先的图像修复

1. 瞬间清晰图像：AutoQuant 独立软件的精华已经过升级、实验室测试、默认 GPU 加速，简化为一个直观的对话框，并准备好适应您的成像工作流程。AutoQuant Deconvolution 模块可在很短的时间内提供可重复的高质量结果。恢复图像保真度，提高质量，并逆转图像采集过程中引入的失真。

2. 为什么要对荧光图像进行反卷积？卷积 + 噪点 = “模糊”图像，AutoQuant Deconvolution 大大提高了图像分辨率和对比度，从而增强了可视化效果、更好的测量效果和更有意义的分析。为此，需要处理卷积和噪声，以使您的图像从模糊变为美丽。

l卷积：当光波遇到物体 - 例如感兴趣的样品、镜头甚至空气分子 - 它们会散射和弯曲。在光学系统（如显微镜）中，这种对光波的影响称为点扩散函数，通常缩写为 PSF。PSF 适用于通过光学系统的每个光点，这个过程称为卷积。

l噪声：数字图像总是会受到一些噪声的影响，这些噪声是通过环境因素以及数码相机硬件中存在的材料和电子设备的组合引入的。信号相关噪声可以用泊松分布来表征，而成像系统产生的噪声通常服从高斯分布。

二、之前和之后画廊

十三、直观的引导过程，AutoQuant 仍然是业内最直观的反卷积软件，它使用简单而优雅的工作流程指导任何用户完成必要的步骤，以实现可重复的图像恢复。

1.确认图像元数据

2. 确认通道元数据

3. 选择 Starting PSF （启动 PSF）

4. 选择 Deconvolution Settings （反卷积设置）

     十四、适用于常见显微镜模式的简单点扩散函数（PSF）模型

1. 测量的 PSF：通过收集亚分辨率珠子的图像来实验测量 PSF。当这个小时，珠子图像代表显微镜的 PSF，并显示为已模糊的单个光点

l提供 PSF 的非常准确的表示

l包括并校正成像系统中的像差

l可与 Theoretical 不可用的模态一起使用

2. 理论 PSF：通过使用诸如显微镜模式、X、Y和Z间距、物镜数值孔径和介质折射率等光学参数来生成准确的理论模型，从而节省时间和精力收集测量的PSF

l节省收集准确胶条图像的时间

l不受收集条件变化的影响

3.  派生 PSF（仅限 2D）：通过图像数据的自动校正生成初始 PSF 估计值。此方法只需要图像本身作为输入

l不需要微珠图像或光学参数

l允许对几乎任何模态进行反卷积

       十五、反卷积循环

1. 从 PSF 估计开始，根据光学计算或输入为珠状图像

2. 使用原始图像创建初始图像估计，该图像可能会进行反向筛选。将图像估计值与 PSF 估计值进行卷积，以创建重新模糊的估计值。

3. 将重新模糊的估计值与原始图像进行比较，以确定要对图像估计值进行的调整。

4. 更新图像估计值并放大它，直到它不再改善。经过几次迭代后，原始图像和重新模糊的估计之间的差异变得最小，并且原始图像被反卷积

      十六、使用内置 GPU 加速更快地对图像进行反卷积

1.对于计算密集型应用程序（如反卷积），能够一次处理数千个数学计算比一次处理几个计算更可取。简而言之，当您使用 GPU 而不是 CPU 时，您有更多的可用带宽，从而可以更快地处理图像

2.  CPU-GPU 协作，反卷积过程的某些部分仍然发生在 CPU 上，尤其是初始设置。完成此操作后， AutoQuant 将访问执行实际迭代反卷积的许多 GPU 处理器内核。然后，最终结果将传输回 CPU 并保存。

l第1步：初始设置分配内存并初始化数学库

l第2步：将数据传输到 GPU

l 第3步：执行迭代将卷积图像猜测与 PSF 猜测，将结果与原始数据进行比较，更新图像和（如果金光闪闪）PSF 猜测，继续进行下一次迭代。

l第4步：从 GPU 检索结果

     十七、批处理，使用 Image-Pro 的本机批处理选择要反卷积的相似图像文件夹

1.节省宝贵的时间。设置批处理并走开。

2. 对来自同一实验的图像组进行反卷积，而无需编写自定义宏。

3. 选择固定或自适应 PSF 并将其应用于整个批次。

4. 自动保存反卷积数据集以供查看和分析

l  久经考验，仍然值得信赖

在将久经考验的反卷积算法集成到新的 Image-Pro 模块中时，我们进行了一系列实验室测试，以确保新的集成仍然值得信赖，并且即使在新平台中也能提供可靠、可重复的结果。下面的白皮书详细介绍了这些测试的结果和结论。

简而言之，我们所有的新测试都产生了令人放心的结果。AutoQuant Fixed PSF 和 Adaptive PSF 算法在所有情况下都继续提供一致的改进和可靠的数据，尤其是对于我们观察到几乎相同改进的 3D 数据。事实上，我们的测试都没有显示结果存在显著差异。因此，新模块经过简化，仅专注于 3D 图像的固定 PSF 算法，从而加快设置速度并生成与以前的 AutoQuant 版本相同质量的数据。